No mangá/animê Fullmetal Alchemist os Círculos de Transmutação são normalmente usados pelos alquimistas para que estes possam fazer transmutações de matéria com alquimia. Desenha-se o círculo em uma superfície, e ao centro se coloca o material a ser transmutado, seguindo a Lei da Troca Equivalente, onde você só cria algo sacrificando outra coisa de igual valor. Depois de por o material no círculo, o alquimista coloca as duas mãos sobre o círculo e ele fundirá os componentes formando algo novo.
As transmutações podem ser usadas para fazer objetos sacrificando outros objetos. Também há a transmutação humana, ou seja, transmutação com uso de humanos como sacrifício. Dentre alguns tipos, estão a criação de homunculus, a combustão de um corpo, a fusão de matérias ao corpo, a anexação de alma em objetos. Nesta última, o círculo de transmutação deve ser feito com sangue do alquimista, e se o círculo for danificado a alma voltará para o além. A criação da pedra filosofal requere que humanos sejam sacrificados no centro de um círculo.
Alguns alquimistas não precisam de circulos de transmutação para fazer alquimia. Edward e Izumi é um dos poucos que conseguem usar alquimia sem círculo de transmutação. Isto é devido ao fato de que apenas aqueles que viram "O Portão" conseguem fazê-lo, pois quando um alquimista vê o que tem dentro da porta ele conseque entender a verdade sobre a alquimia, porém poucos alquimistas conseguem sobreviver, somente os grandes alquimistas habilidosos podem fazê-lo.
